后人不断追寻，但总是毫无结果，给七十二疑冢蒙上了一层神秘的色彩。而当地老百姓有关疑冢的种种传说，更使疑冢越发显得神秘莫测。据当地的老百姓说，讲武城一带的疑冢，在雷雨天常常会冒紫光。还有的说，近代的军阀混战年代，曾有东印度公司一个名叫胡赛米的古董商人，从郑州雇了一批民工，把临漳河的疑冢一座座掘开，企图找到曹操真墓，掘取财宝。结果，民工挖了十几座墓，发现里面除了土陶、瓦罐之类的东西外，一无所获。当他们试图继续发掘时，关于洋人盗墓的消息传开了。愤怒的当地群众手持刀斧，将胡赛米及其雇佣的民工赶出了漳河。
还有一个传说，十分离奇。
清朝同治年间，当地有个自幼失去双亲的孤儿，名叫朱伢儿。由于无依无靠，他只好以给地主家牧羊为生。有一天，朱伢儿在讲武城东南的彭村打柴。这彭村，也叫彭城村，古时曾是一个人工湖泊，三国时曹操将其命名为玄武池，专门在此操练水兵。后来由于长年不疏浚，加上中原一带连年干旱，池水涸竭，玄武池便渐渐淤塞，长满芦苇，变为陆地。朱伢儿在这里打柴，突然在高高的蒿草丛中发现了一座大墓，墓前侧卧一块石碑。朱伢儿不识字，又觉好奇，所以就请了一位私塾先生来辨认。私塾先生一读碑文，原来这是魏武帝曹操陵墓。于是，他们便告知磁州县衙门。县令得知后，马上坐轿赶到彭村，但是奇怪的是，当他带人拨开杂草时，那座大冢已是无影无踪。县令十分生气，认为私塾先生欺骗了他，命士卒将他打了三百杖，而那个少年伢子，却从此再也未有下落。
前面已经讲过，宋代诗人俞应符针对曹操七十二疑冢，曾设想了一种办法：“直须发尽冢七二，必有一冢藏君尸。”可惜的是，这种方法被实践证明是无效的。自元明之后，这些陵墓相继被盗，但曹操尸体仍未找着。这就应了鲁迅所说的话：“安知其尸实不在此七十二之内乎。真是没有法子想。”
1988年3月8日，《人民日报》第一版发表了一篇文章，题目为《“曹操七十二疑冢”之谜揭开》，该文说，“七十二疑冢”实际是北朝的大型古墓群，而墓的确切数量非72座，而是134座。这篇文章的全文如下：
闻名中外的河北省磁县古墓群最近被国务院列为第三批全国重点文物保护单位。过去在民间传说中被认为是“曹操七十二疑冢”的这片古墓，现已查明实际上是北朝的大型古墓群，确切数字也不是72，而是134。
磁县地处冀南，周围方圆30多公里的大地上分布着众多墓冢。《三国演义》第四回记载，曹操“遗命于彰德府讲武城外，设立疑冢七十二，勿令后人知其葬处，恐为人所发掘故也。”近年来，考古工作者对这些“曹操疑冢”进行了多次调查，根据多处墓志铭和墓形建造结构以及壁画、陶俑、古币等器物考证表明，从424年到578年，先后有东魏、北齐在磁县、临漳邺镇一带建都，其间历代皇亲国戚、天子朝臣葬于此地，逐渐形成了大型古墓群。
另据磁县出土的墓志看，墓的主人也均为北魏、东魏、北齐时人，所以《磁县志》这样记道：“民国以来，经人盗掘者多有墓志，都是北朝时的王公要人……疑冢之说不攻自破。”
至此，关于曹操设置七十二疑冢的故事可以画上一个句号了。但是关于曹操尸骨到底埋于何处的故事并没有结束。
随着七十二疑冢的神秘色彩的日益消退，另一个围绕漳河的神秘故事又将展开。在疑冢之说破灭的同时，就有人提出，曹操的真正陵寝不是建造于地上，而是造于漳河河底。
持这种观点的人的证据是，曹操之子曹丕废汉称帝后，曾写过一份题为《止临淄侯植术祭先王诏》的诏书，其中写道：“欲祭先王与河上，览省上下，悲伤感切。”
后人多有赞同此说的。如清人刘廷琦曾作过一首《铜雀妓》诗，诗云：“铜雀宫观委灰尘，魏主园陵漳水滨。即令西望犹堪思，况复当年歌无人!”